2002-2006?? 中山大學(xué) 生物科學(xué) 學(xué)士
2006-2011?? 中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院 生化與分子生物學(xué) 博士
2011-2013?? 中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院? 副研究員
2013至今?? ?中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院? 研究員
2016-2017?? 美國哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院 波士頓兒童醫(yī)院?? 訪問教授
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生命是如何產(chǎn)生的？如何變復(fù)雜的？意識(shí)的本質(zhì)是什么？這是生物學(xué)的三大關(guān)鍵問題，我們試圖通過細(xì)胞命運(yùn)和表觀遺傳的研究，對第二個(gè)問題做出關(guān)鍵推進(jìn)，并引導(dǎo)到第三個(gè)問題。
細(xì)胞是生命活動(dòng)的基本單位，從進(jìn)化角度看，細(xì)胞先經(jīng)歷了細(xì)胞內(nèi)結(jié)構(gòu)的特化和功能的擴(kuò)展，之后才開始多細(xì)胞生物的進(jìn)化，多細(xì)胞生物個(gè)體則包含多種具備獨(dú)特功能的細(xì)胞。多細(xì)胞生物的個(gè)體發(fā)育是幾乎不涉及基因序列改變的，那這些細(xì)胞如何被引導(dǎo)到特定的細(xì)胞狀態(tài)呢？這個(gè)問題被稱為細(xì)胞命運(yùn)決定，涉及表觀遺傳學(xué)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等等一系列基本科學(xué)問題。生命活動(dòng)之所以難以理解，在于影響一個(gè)現(xiàn)象（如細(xì)胞命運(yùn)）的因素是多維度的，這也是目前在細(xì)胞再生治療等實(shí)踐中所遇到的理論困難的根本原因。因此進(jìn)一步了解細(xì)胞命運(yùn)決定各因素之間的相互聯(lián)系，將能夠?qū)M(jìn)化中多細(xì)胞生物其細(xì)胞組織功能的形成有更深入的了解，也將有機(jī)會(huì)創(chuàng)造了解這種多維度支配下的生物系統(tǒng)的嶄新思維模式。
細(xì)胞命運(yùn)決定一方面是干細(xì)胞應(yīng)用技術(shù)所亟需的基本理論，另一方面更是從細(xì)胞生物學(xué)角度理解多細(xì)胞生物生命活動(dòng)的重要基礎(chǔ)研究命題。我們在過去的研究中揭示表觀遺傳因素如組蛋白甲基化是如何被細(xì)胞外環(huán)境、核心轉(zhuǎn)錄因子所影響、進(jìn)而決定細(xì)胞命運(yùn)的，發(fā)展了一系列追蹤復(fù)雜細(xì)胞命運(yùn)中轉(zhuǎn)錄信息和非編碼序列信息變化的新算法。我們的長遠(yuǎn)目標(biāo)是通過這一系列研究，清晰地理解多細(xì)胞生物的功能組織過程，提出新的生物學(xué)研究思路及理論，也希望將這種知識(shí)運(yùn)用到人類健康事業(yè)上。
主要研究方向
1）以干細(xì)胞模型（如類器官、重編程等）研究細(xì)胞命運(yùn)決定的分子調(diào)控機(jī)理；主要探討表觀遺傳調(diào)控的特異性機(jī)制，及其與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)錄因子、非編碼遺傳信息之間的聯(lián)系。
2）以細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)化模型中采集的表觀遺傳組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組等大數(shù)據(jù)，通過計(jì)算生物學(xué)挖掘重要生物學(xué)機(jī)理，根據(jù)新理論開發(fā)新算法和新軟件。
3）通過細(xì)胞命運(yùn)決定理論促進(jìn)干細(xì)胞誘導(dǎo)分化的技術(shù)實(shí)踐（旨在獲得具有體內(nèi)功能的細(xì)胞，目前這仍是主要瓶頸），從而推進(jìn)再生醫(yī)學(xué)發(fā)展。
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核心技術(shù)平臺(tái)
1.干細(xì)胞培養(yǎng)與分化，包括類器官3D培養(yǎng)和化學(xué)生物學(xué)方法；
2.先進(jìn)的干細(xì)胞遺傳學(xué)和小鼠遺傳學(xué)系統(tǒng)，應(yīng)用遺傳學(xué)手段實(shí)現(xiàn)可信的科學(xué)證明；
3.前沿的生物學(xué)信息學(xué)研究能力，基于理論創(chuàng)新需求的算法開發(fā)能力。
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1.國家杰出青年科學(xué)基金項(xiàng)目（2022年），項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
2.國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2019年），項(xiàng)目負(fù)責(zé)人（首席科學(xué)家）。
3.國家優(yōu)秀青年科學(xué)基金項(xiàng)目（2015年），項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
4.國家重大科學(xué)研究計(jì)劃（973）青年項(xiàng)目（2014年），項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
5.國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目（2017年、2013年），項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
6.廣東省自然科學(xué)基金杰出青年基金，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
7.廣東省重大專項(xiàng)計(jì)劃，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
8.廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目重點(diǎn)項(xiàng)目，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。
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中國科學(xué)院再生生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 常務(wù)副主任
廣東省干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 常務(wù)副主任
國家自然科學(xué)基金杰出青年；
國家自然科學(xué)獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)
國家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年；
廣東省自然科學(xué)基金杰出青年；
廣東省科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)（2015）；
廣州市科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)（2015）；
中國科學(xué)院杰出成就獎(jiǎng)（團(tuán)隊(duì)）；
南粵創(chuàng)新獎(jiǎng)（2016）；
中國科學(xué)院卓越青年科學(xué)家;
連續(xù)三年（2020-2022）獲得中國科學(xué)院優(yōu)秀導(dǎo)師榮譽(yù)稱號(hào)等。
（*為通訊作者），以下工作更新于2021年3月份，完整論文信息請見https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=jiekai+chen
2021年
1.?????? Jiadong Liu#; Mingwei Gao#; Jiangping He#; Kaixin Wu; Siyuan Lin; Lingmei Jin; …; Jiekai Chen*; The RNA m6A reader YTHDC1 silences retrotransposons and guards ES cell identity, Nature, 2021, 591(7849): 322-326. (發(fā)現(xiàn)RNA m6A調(diào)控異染色質(zhì)和干細(xì)胞的新功能)?
2.?Jiangping He; …; Andrew P. Hutchins*; Jiekai Chen*; Identifying transposable element expression dynamics and heterogeneity during development at the single-cell level with a processing pipeline scTE, Nature Communications, 2021, 12(1): 1456. (開發(fā)單細(xì)胞測序分析轉(zhuǎn)座元件的新工具)?
3.?? Feng-Liang Liu#; Kaixin Wu#; Jiaoyang Sun#; Zilei Duan#; Xiongzhi Quan; …; Guangming Wu*; Yong-Tang Zheng*; Jiekai Chen*; Rapid generation of ACE2 humanized inbred mouse model for COVID-19 with tetraploid complementation, National Science Review, 2021.?（新一代動(dòng)物模型技術(shù)，35天制備新冠易感小鼠）
4.?? Xianwen Ren#; Wen Wen#; Xiaoying Fan#; …; Hongyang Wang*; Bing Su*; Zheng Zhang*; Kun Qu*; Xiaoqun Wang*; Jiekai Chen*; Ronghua Jin*; Zemin Zhang*; COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas, Cell, 2021. (新冠肺炎單細(xì)胞研究中國聯(lián)盟，限于篇幅未列出所有重要作者)?
2020年
5.?? Kaixin Wu#; He Liu#; Yaofeng Wang; Jiangping He; …; Jiekai Chen*; SETDB1-Mediated Cell Fate Transition between 2C- Like and Pluripotent States, Cell Reports, 2020, 30(1): 25-36.?(發(fā)現(xiàn)H3K9甲基化酶SETDB1調(diào)控干細(xì)胞多能性和全能性)
6.?????? Jiadong Liu#; Mingwei Gao#; …; Jiekai Chen*; YTHDF2/3 Are Required for Somatic Reprogramming through Different RNA Deadenylation Pathways, Cell Reports, 2020, 32(10): 108120.?
7.?????? Jiekai Chen*; Perspectives on somatic reprogramming: spotlighting epigenetic regulation and cellular heterogeneity, Current Opinion in Genetics & Development, 2020, 64: 21-25.
8.?????? Jiangping He#; Shuijiang Cai#; Huijian Feng#; Baomei Cai#; Lihui Lin#; Yuanbang Mai; …; Nanshan Zhong; Xinwen Chen*; Xilong Deng*; Jiekai Chen*; Single-cell analysis reveals bronchoalveolar epithelial dysfunction in COVID-19 patients, Protein & Cell, 2020, 11(9): 680-687.
9.?????? Xiaowei Lai#; Qian Li#; Fang Wu; Jiechun Lin; Jiekai Chen*; Hui Zheng*; Lin Guo*; Epithelial-Mesenchymal Transition and Metabolic Switching in Cancer: Lessons From Somatic Cell Reprogramming, Front Cell Dev Biol, 2020 , 8:760.
10.??? Linlin Hou*; Yuanjie Wei; …; Jiekai Chen; Xichen Bao*; Ralf Jauch*; Concurrent binding to DNA and RNA facilitates the pluripotency reprogramming activity of Sox2, Nucleic Acids Research, 2020, 48(7): 3869-3887.
11.??? Jing Sun#; Zhen Zhuang#; Jian Zheng#; …; Jiekai Chen; Yimin Li; Nanshan Zhong; David K. Meyerholz; Paul B. McCray, Jr.*; Stanley Perlman*; Jincun Zhao*; Generation of a Broadly Useful Model for COVID-19 Pathogenesis, Vaccination, and Treatment, Cell, 2020, 182(3): 734-+.
12.??? Shengyong Yu#; Chunhua Zhou#; Shangtao Cao#; Jiangping He#; …; Jiekai Chen; Jing Liu*; Duanqing Pei*; BMP4 resets mouse epiblast stem cells to naive pluripotency through ZBTB7A/B-mediated chromatin remodelling, Nature Cell Biology, 2020, 22(6): 651-+.
2013-2019年
13. Lin Guo#; Lihui Lin#; Xiaoshan Wang#; Mingwei Gao; Shangtao Cao; Yuanbang Mai; Fang Wu; …; Duanqing Pei*; Jiekai Chen*; Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-Seq, Molecular Cell, 2019, 73(4): 815-829. (建立SOT算法，對iPS重編程過程的細(xì)胞命運(yùn)決定過程進(jìn)行了新闡述)
14.??? Zhiwei Zhou; Xuejie Yang; Jiangping He; …; Andrew P. Hutchins; Duanqing Pei*; Jiekai Chen*; Kdm2b Regulates Somatic Reprogramming through Variant PRC1 Complex-Dependent Function, Cell Reports, 2017, 21(8): 2160-2170.
15.??? Dongwei Li#; Jing Liu#; Xuejie Yang#; …; Andrew P. Hutchins*; Jiekai Chen*; Duanqing Pei*; Chromatin Accessibility Dynamics during iPSC Reprogramming, Cell Stem Cell, 2017, 21(6): 819-833.
16.??? Jing Liu; Qingkai Han; Tianran Peng; …; Guangjin Pan; Jiekai Chen*; Duanqing Pei*; The oncogene c-Jun impedes somatic cell reprogramming, Nature Cell Biology, 2015, 17(7): 856-867.
17.??? Jiangping He; Xiuling Fu; Meng Zhang; …; Jiekai Chen; Miguel A. Esteban; Andrew P. Hutchins*; Transposable elements are regulated by contextspecific patterns of chromatin marks in mouse embryonic stem cells, Nature Communications, 2019, 10(1): 34.
18.??? Alejandro De Los Angeles#; Francesco Ferrari#; …; Jiekai Chen; Marti Borkent; Vladislav Krupalnik; Ernesto Lujan; Marius Wernig; Jacob H. Hanna; Konrad Hochedlinger; Duanqing Pei; Rudolf Jaenisch; Hongkui Deng; Stuart H. Orkin; Peter J. Park*; George Q. Daley*; Failure to replicate the STAP cell phenomenon, Nature, 2015, 525(7570): E6-9.
19.??? Mengyun Zhang#; Yong Dong#; Fangxiao Hu#; …; Jiekai Chen; Aibin He; Bing Liu; Demin Wang; Yong-Guang Yang; Jinyong Wang*; Transcription factor Hoxb5 reprograms B cells into functional T lymphocytes, Nature Immunology, 2018, 19(3): 279-290.
20.??? Shangtao Cao#; Shengyong Yu#; Dongwei Li#; Jing Ye; Xuejie Yang; …; Guangjin Pan; Jiekai Chen; Jing Liu*; Duanqing Pei*; Chromatin Accessibility Dynamics during Chemical Induction of Pluripotency, Cell Stem Cell, 2018, 22(4): 529-542.
21.??? Jiekai Chen#; He Liu#; Jing Liu; Jing Qi; Bei Wei; Jiaqi Yang; Hanquan Liang; You Chen; et al. H3K9 methylation is a barrier during somatic cell reprogramming into iPSCs, Nature Genetics, 2013, 45(1): 34-42. （首次闡明H3K9甲基化是重編程的重要障礙，ESI高引論文）
22.??? Jiekai Chen#; Lin Guo#; Lei Zhang#; Haoyu Wu; Jiaqi Yang; He Liu; et al. Vitamin C modulates TET1 function during somatic cell reprogramming, Nature Genetics, 2013, 45(12): 1504-1509. （闡明Vc對Tet1的功能的轉(zhuǎn)化作用，當(dāng)期雜志配發(fā)評論）
